Rok 1999 i powstanie Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego to jedna z najważniejszych dat w historii Olsztyna. Początkowo uniwersytet miał 12 wydziałów i 32 kierunki kształcenia oraz 24,5 tysiąca studentów. Jego główną siedzibą jest Kortowo – miasteczko akademickie wcześniej należące do Akademii Rolniczo-Technicznej.
Już dwa lata później oferta uniwersytetu powiększyła się o 2 nowe wydziały: Prawa i Administracji oraz Matematyki i Informatyki. W tym samym roku ruszyło studenckie radio UWM FM.
Kolejny rok to pierwsza inwestycja w infrastrukturę uczelni. To właśnie w 2002 roku do użytku zostaje oddany obiekt wybudowany już pod szyldem Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego. Jest nim siedziba Wydziału Biologii i Biotechnologii.
Rok 2003 – Uniwersytet organizuje niezwykle ważne wydarzenie, pierwsze Dni Nauki i Sztuki. To największa masowa impreza promująca naukę. Okazuje się, że zainteresowanie jest ogromne – tysiące uczestników, głównie dzieci i młodzieży świadczą o tym, że nauka może być ciekawa również dla najmłodszych mieszkańców miasta i regionu.
Rok 2004 to kolejna, imponująca inwestycja – Centrum Konferencyjne – największy tego typu obiekt w regionie. Odbywają się w nim konferencje, ważne uroczystości, a na co dzień korzystają z niego studenci Wydziału Prawa i Administracji. To również rok, w którym Parlament Studentów RP po raz pierwszy przyznaje uniwersytetowi tytuł „Uczelnia przyjazna studentom”. Ten zaszczytny tytuł ponownie nadaje mu w 2008 roku.
W 2005 roku po raz pierwszy dyplomy ukończenia studiów odebrali absolwenci kierunku pielęgniarstwo. Działał on wtedy jeszcze przy Wydziale Biologii.
Rok później Uniwersytet rozpoczął współpracę z uczelnią w Offenburgu. Absolwenci wspólnych studiów magisterskich otrzymują dyplom obu uczelni. Obecnie są to już 3 kierunki, obok inżynierii w ochronie środowiska to także inżynieria produkcji żywności oraz najnowszy - biotechnologia.
W Stacji Dydaktyczno-Badawczej UWM w Bałdach Wydział Bioinżynierii Zwierząt otworzył najnowocześniejsze w Europie laboratorium drobiarskie.
Rok 2007 zapisał się w historii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego oddaniem do użytku Biblioteki Uniwersyteckiej – najnowocześniejszej w regionie. Powstała także Akademicka Orkiestra Dęta.
Rok 2008 to bardzo ważna data – olsztyńska Alma Mater zaczyna kształcenie lekarzy. Pierwsza inauguracja roku akademickiego na Wydziale Nauk Medycznych odbyła się na zamku. Pierwszym dziekanem tego wydziału został profesor Wojciech Maksymowicz.
Rok później w przejętym od wojska szpitalu uczelnia tworzy Uniwersytecki Szpital Kliniczny. W kolejnych latach modernizuje go i rozbudowuje. W tym samym roku z Wydziału Nauk Społecznych wyłania się Wydział Sztuki. Jego siedziba mieści się w centrum Olsztyna.
Pierwsze 10 lat w historii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego to czas wielkich przemian. Kolejne lata przyniosą wzmocnienie pozycji uczelni na rynku edukacyjnym w Polsce.
